1991年，走进了甘肃省电视台，担任甘肃省文艺演出活动主持，随后主持综艺节目《花好月圆》。1993年，主持中央电视台文艺节目《东西南北中》，随后主持中央电视台音乐栏目《中国音乐电视》 [。

1997年起，朱军开始主持中央电视台春节联欢晚会；同年，其主持、编辑的音乐节目《乡风乡韵》获得金天线电视节目大赛音乐类节目第一名。1999年，在全国金话筒节目主持人评选中获银奖第一名 。

2000年12月22日，开始主持中央电视台谈话节目《艺术人生》。2001年，参加中央电视台元宵晚会，与尹相杰搭档表演相声《灯谜》。2002年，参加中央电视台春节联欢晚会，与曹颖、雪村合作表演小品《回家》；同年，获得第三届“全国百家电视艺术工作者”称号。2003年，获得第21届中国电视金鹰奖最佳节目主持人奖 。

2004年，在中央电视台春节联欢晚会上与冯巩、周涛、李志强、刘金山合作表演小品《让一让，生活真美好》；同年与董卿搭档主持中央电视台音乐频道开播庆典音乐会；随后主持中央电视台音乐频道的音乐家故事讲述节目《音乐人生》 ；与周涛、施翌、张泽群主持在灿烂阳光下“心连心”艺术团“五一”赴浙江温州慰问演出。

2005年，在中央电视台春节联欢晚会上与冯巩表演小品《笑谈人生》 ；同年9月19日，与董卿、蓝心湄、胡倍蔚、刘中志一同主持“天涯共此时”——中央电视台中秋晚会 。

2006年，与冯巩、牛莉搭档在央视春晚上表演小品《跟着媳妇当保姆》；同年与董卿、刘芳菲、张泽群共同主持中央电视台春节歌舞晚会 ；7月15日，主持央视三套互动类竞技性节目《想挑战吗》；7月16日，出任第三届中新歌会主持人；12月31日，与董卿搭档主持中央电视台诗歌朗诵节目《新年新诗会》。

2007年1月25日，与董卿、康辉主持“万家灯火平安夜——公安部春节晚会” ；2月，主持“百花迎春——中国文学艺术界春节大联欢” ；8月8日，与杨澜主持北京奥运会倒计时一周年庆祝活动文艺晚会 ；9月23日，与董卿、梁洪主持首届亚洲青年艺术节开幕式 ；12月31日，主持CCTV综艺盛典，同时与张泽群、毕福剑、杨柳、任鲁豫一同表演相声《五官争功》。

2008年4月，与董卿、春妮、白岩松、杨澜主持奥运倒计时100天庆祝活动暨奥运歌曲评选活动颁奖晚会 ；7月29日，与董卿、张泽群、朱迅共同主持“百年圆梦——迎2008北京奥运会文艺晚会” ；12月31日，与周涛搭档主持中央电视台诗歌朗诵节目《新年新诗会》 。

2009年9月28日，主持“《祖国万岁》——庆祝中华人民共和国成立60周年文艺晚会”；10月1日，受邀在天安门西观礼台观看国庆六十周年阅兵式，并与董卿搭档解说“首都各界庆祝中华人民共和国成立六十周年文艺晚会”。10月16日，与董卿搭档解说中华人民共和国第十一届运动会开幕式 。

2010年10月31日，与曹可凡、陈蓉、董卿共同主持上海世博会闭幕式文艺晚会；11月12日，与搭档董卿解说第十六届广州亚运会开幕式及亚运会序曲珠江巡游 ；11月27日，与搭档董卿解说第十六届广州亚运会闭幕式；12月21日，与李瑞英、康辉、董卿主持中央电视台跨年盛典。

2011年2月2日晚，担任中央电视台兔年春节联欢晚会主持，与朱迅、周涛、董卿、李咏、张泽群合作 ；2月17日，担任中央电视台元宵晚会主持 ；10月1日，与董卿主持《五星红旗我为你骄傲》——庆祝中华人民共和国成立62周年专题文艺晚会 ；12月31日，与董卿、周涛、张泽群共同主持《启航2012——中央电视台元旦晚会》。

2012年1月22日晚，担任中央电视台龙年春节联欢晚会主持，与董卿、李思思、李咏、撒贝宁、毕福剑合作；2月6日晚，担任中央电视台元宵晚会主持，与董卿、李思思、李咏、撒贝宁、毕福剑合作。

2013年2月9日晚，担任中央电视台蛇年春节联欢晚会主持，与董卿、李思思、李咏、撒贝宁、毕福剑合作；6月15日，担任第三届兰州国际马拉松赛解说嘉宾，与CCTV5主持人杨建合作 。

2014年1月30日，与张国立、董卿、毕福剑、李思思一同主持中央电视台马年春节联欢晚会 ；2月14日，与董卿、毕福剑、李思思共同担任中央电视台元宵晚会主持人；10月10日，与何炅、谢娜、汪涵一同主持第十届中国金鹰电视艺术节开幕式文艺晚会。

2015年2月2日，央视春晚官方发布确认朱军担任中央电视台羊年春节联欢晚会主持，与董卿、康辉、李思思、撒贝宁、毕福剑、朱迅、尼格买提合作；5月9日晚，与尼格买提联袂主持中央电视台平民选秀节目《星光大道》；12月31日，与董卿等多位主持人一同主持跨年直播节目《启航2016》 。

2016年2月7日晚，担任中央电视台猴年春节联欢晚会主持，与周涛、董卿、撒贝宁、李思思、尼格买提合作 ；2月22日晚，担任中央电视台元宵晚会主持，与周涛、董卿、撒贝宁、李思思、尼格买提合作；4月29日，与朱迅搭档主持央视综艺频道推出的音乐竞技类节目《星光大道超级版》 ；6月26日， 朱军通过个人微博发声，证实自己离开《星光大道》节目，由朱迅接棒 ；7月，主持中央电视台综艺频道“夏季综艺周”特别节目《人生课堂》 ；7月18日，与董卿主持中央电视台民歌竞技类节目《中国民歌大会》。

2017年1月27日晚，担任中央电视台鸡年春节联欢晚会主会场主持，与董卿、康辉、朱迅和尼格买提合作 ；2月11日，主持中央电视台元宵晚会，同时在晚会中与高晓攀、尤宪超表演相声《都是为你好》；4月，参加北京卫视少儿成长音乐节目《音乐大师课》第三季，在节目中担任“老师团”成员 ；12月，加盟综艺频道互动综艺节目《我要上春晚》，与张凯丽、林永健、王伟忠一同担任评委 。

2018年1月5日，与张蕾搭档主持《光辉时刻——哈尔滨王立平作品交响音乐会》；同年，出任人文艺术类节目《信·中国》的主持人、制作人和总导演 ；1月22日，与颜丹晨主持央视综艺频道推出的春节特别节目《东西南北贺新春》 ；4月，为《信中国》同名主题曲作词并参与演唱